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本署組織架構圖說明：署長1人、副署長2人、主任秘書1人、綜合企劃組、經營輔導組、新創育成組、財務發展組、秘書室、人事室、政風室、主計室。

註：
1.另設中區服務處、南區服務處。
​​​​​​​2.署長兼任行政院中小企業政策審議委員會及中小企業發展基金管理委員會執行秘書。